תוֹכֶן
אנדומטריוזיס עמוק תואם את הצורה החמורה ביותר של אנדומטריוזיס, מכיוון שבמצב זה רקמת רירית הרחם מתפשטת על שטח גדול יותר, כשהיא עבה מהרגיל וגורמת לתסמינים הקלאסיים של אנדומטריוזיס להיות חזקים יותר, וניתן להבחין בכאבי מחזור. וסת חזקה וכבדה במהלך יחסי מין, למשל.
באנדומטריוזיס עמוק, צמיחת רקמת רירית הרחם מתרחשת בכמויות גדולות מחוץ לרחם, במקומות כמו מעיים, שחלות, חצוצרות או שלפוחית השתן, מה שגורם לכאבי אגן מתקדמים בזמן הווסת.